Die vorliegende Formularhilfe erklärt, wie Meva über sein Konsiliarformular gesteuert wird.
Hinweis: Eine Kurzhilfe zu den Formularfeldern erhalten Sie, wenn Sie mit der Maus über die Parameternamen gehen (außer unter Netscape V.4), eine ausführlichere, wenn Sie auf die Parameternamen klicken.
Die hier aufgeführten Felder bestimmen, welche Daten überhaupt analysiert werden.
Bibliographisches Feld. Wählen Sie das zu analysierende bibliographische Feld aus. Wichtige Felder sind u.a. Author, Affiliation, Title oder MeSH Terms. Eine Auflistung aller Felder mit einer kurzen Erklärung finden Sie in der Feldhilfe.
Es werden alle Feldeinträge des ersten gewählten Feldtyps von allen Artikeln mit zugehöriger Artikelnummer (PMID) angezeigt. Falls Sie auch einen zweiten Feldnamen auswählen, werden entsprechend auch die im selben Artikel befindlichen Feldeinträge des 2. Feldtyps angezeigt. Bei sehr großen Anfragen kann es ratsam sein, Feld 2 leer zu lassen (sofern es nicht zwingend benötigt wird), um die Verarbeitung zu beschleunigen und die Netzbelastung zu reduzieren.
Suchfilter. Geben Sie im Suchfeld eine Zeichenkette an, die im Feldinhalt vorkommen muß.
Tip: Suchen Sie z.B. nach MeSH-Codes, können Sie einen Stern als Filter verwenden, um nur Hauptschlagwörter zu finden.
Generell gilt: Mit dem Einsatz von Filtern können Sie die Datenmenge des zurückgelieferten Resultates sowie die Netzlast reduzieren und sich auf das Wesentliche beschränken. Empfohlen!
Außerdem können Sie die Operatoren AND, OR und NOT der Booleschen Algebra zur Suche verwenden. Zwischen groß und klein geschriebenen Operatoren wird nicht unterschieden. Fehlt ein binärer Operator zwischen zwei Operanden, werden diese AND-verknüpft. Ein Ausdruck der Form Colchicine blood entspricht somit Colchicine AND blood.
Die Operatoren folgen keinen inhärenten Vorrangregeln, eine vorrangige Auswertung kann nur durch Klammerung der entsprechenden Teilausdrücke erzwungen werden. Anderenfalls erfolgt die Auswertung sequentiell von links nach rechts. Ein Ausdruck der Form a AND b OR a AND c entspricht damit implizit ((a AND b) OR a) AND c. Die Suche nach Colchicine AND blood OR pharmacokinetics und die Suche nach Colchicine AND (blood OR pharmacokinetics) findet also meist nicht dasselbe.
Hinweis: Die Booleschen Operatoren arbeiten momentan auf Feld- und nicht auf Artikelebene, d.h. die verwendeten Operanden beziehen sich alle auf ein und dasselbe Feld! Suchen Sie also z.B. nach Colchicine AND blood, werden Colchicine/blood, Colchicine/blood/pharmacokinetics und auch Colchicine/*analogs & derivatives/blood gefunden, nicht aber Felder, die nur Colchicine, nur Lysine/*analogs & derivatives/blood/pharmacokinetics oder nur Colchicine/pharmacokinetics beinhalten - auch wenn sie alle im selben Artikel vorkommen! Eine Verknüpfung auf Artikelebene ist besser in PubMed selbst zu realisieren, z.B. Colchicine[mh] AND blood[mh]
Um Zeichenketten zu finden, die mehrere Wörter beinhalten, setzen Sie den entsprechenden Teilausdruck in doppelte Anführungszeichen. Die Suche nach "Cell Line" findet somit nur Zeilen, die die komplette Zeichenkette beinhalten, nicht aber Zeilen, die nur Cell, nur Line oder aber z.B. Cell Proliferation Line beinhalten.
Um die Suche zu verfeinern, können Sie weitere Suchparameter setzen:
Mit der Checkbox Groß/Kleinschreibung ignorieren können Sie einstellen, ob Groß- und Kleinschreibung beachtet oder ignoriert werden sollen. Ist z.B. Ignorieren aktiviert, werden bei der Suche nach age sowohl Age, age als auch AGE gefunden.
Über die Checkbox Ganzwortsuche können Sie festlegen, ob nur nach ganzen Wörtern oder auch nach Teilbegriffen gesucht werden soll. Als Wortgrenze gilt das Leerzeichen. Ist z.B. Ganzwortsuche aktiviert, werden bei der Suche nach 'age' nur ganze Wörter wie z.B. Age, age als auch AGE gefunden (abhängig von der Groß/Kleinschreiboption), nicht aber Wörter wie Aged oder Heritage.
Bsp. 1: Sie wollen nach allen Worten suchen, die mit Age beginnen (Age, Aged oder Aging, aber nicht Dosage oder Heritage). Lassen Sie dazu einfach das Groß/Kleinschreibfeld und das Ganzwortsuchefeld inaktiv. Dies ist die Standardeinstellung.
Bsp. 2: Sie suchen Wortzusammensetzungen mit hydro ungeachtet der Groß/Kleinschreibung, z.B. Hydrofolate, aber auch Dehydrogenase. Aktivieren Sie dazu das Groß/Kleinschreibfeld und lassen Sie das Ganzwortsuchefeld inaktiv.
Bsp. 3: Sie wollen exakt nur Age finden. Lassen Sie dazu einfach das Groß/Kleinschreibfeld inaktiv und aktivieren Sie das Ganzwortsuchefeld.
Bsp. 4: Sie wollen Age als auch age finden, nicht aber Aged, aged etc. Aktivieren Sie dazu beide Filtermodusfelder.
Für Autoren können Sie die entsprechende Auswahl aktivieren, um Mevas Analyse auf Erstautoren oder Letztautoren zu beschränken.
Minimale Häufigkeit. Sie können die Anzeige auf Felder beschränken, die eine Mindesthäufigkeit aufweisen. Wenn Sie z.B. 3 angeben, werden nur Felder angezeigt, die mindestens drei mal im PubMed-Resultat vorkommen. Empfohlen, um Datenmenge und Netzlast zu reduzieren!
Die hier aufgeführten Felder bestimmen, welche Daten wie angezeigt werden.
Diagramme. Wählen Sie mit der Checkbox, ob Histogramme der häufigsten Felder sowie Koinzidenztabellen angezeigt werden sollen.
Mit dem Top-Wert können Sie die Anzahl der Felder festlegen, die in den Diagrammen angezeigt werden sollen. Wünschen Sie z.B. eine Häufigkeitsdarstellung der drei häufigsten Felder, geben Sie hier eine 3 an. Überschreitet der hier angegebene Wert die Anzahl der gefundenen Felder, wird er von Meva auf die Anzahl angepaßt. Maximal 50 sind erlaubt.
Mit der Skalierung können Sie das Aussehen der Histogramme beeinflussen. Dieser Wert sollte in den meisten Fällen auf auto belassen werden. In den Fällen jedoch, in denen Histogramme mehrerer Resultatdateien verglichen werden sollen, kann es nützlich sein, die Skalierung auf einen absoluten Wert zu setzen, um eine direkte optische Vergleichbarkeit zu ermöglichen.
Details. Geben Sie mit der Checkbox an, ob Sie eine Auflistung aller Felder wünschen.
Wählen Sie außerdem, ob die gefundenen Felder in den Details alphabetisch oder nach Anzahl ihres Vorkommens sortiert werden sollen, und in welcher Reihenfolge: auf- oder absteigend.
Mit der Option PMID immer anzeigen können Sie erzwingen, daß die PMID-Spalte in den Details auch dann angezeigt wird, falls kein zweiter Feldtyp im Formular ausgewählt wurde. Falls die PMID aber nicht interessiert und man ein komprimiertes Listing, z.B. zum Ausdruck, benötigt, empfiehlt es sich, diese Option auf der Voreinstellung (inaktiv) zu lassen.
MeSH-Codes. Wählen Sie, ob zu den MeSH Terms in den einzelnen Sektionen auch die entsprechenden MeSH Codes ausgegeben werden sollen. Denken Sie daran, daß nicht alle Terms über Codes verfügen, speziell solche generischer Natur wie z.B. Human oder Animal. Die Aktivierung dieses Punktes wird nur bei kleineren Anfragen empfohlen, da es die Verarbeitungsgeschwindigkeit herabsetzt. Diese Option wird für den MeSH-Baum nicht benötigt und Sie werden sie daher nur selten benötigen.
MeSH-Baum. Wenn Sie im Feld 1 oder 2 MeSH-Tags ausgewählt haben, können Sie einen MeSH-Baum ausgeben lassen, in dem alle gefundenen MeSH-Tags mit ihren Häufigkeiten und entsprechend ihrer Codeposition dargestellt werden. Legen Sie zudem fest, bis zu welcher Tiefe er dargestellt werden soll. Die Darstellungstiefer 1 stellt z.B. nur die Hauptrubriken dar.
Da PubMed nur die Zeichenkette eines Terms, nicht aber den entsprechenden Code selbst liefert, und eine Zeichenkette unter mehreren Codes im Baum lokalisiert sein kann - Orientation findet sich z.B. unter F01.058.577 als auch unter F02.830.606 - stellt Meva alle zugehörigen Codes dar. Nun entsteht aber das Problem, die Häufigkeiten den Codes zuzuordnen. Wird Orientation z.B. 9 mal gefunden, welcher Code soll die 9 tragen: F01.058.577 oder F02.830.606? Meva versucht, dieses Problem mit mehreren Strategien aufzulösen.
Branch fit. Der Benutzer kann einen MeSH-Teilbaum auswählen, in dem die Häufigkeiten bevorzugt erfaßt werden. Greift diese Strategie nicht, sei es, weil der Teilbaum vom Benutzer unglücklich gewählt wurde oder weil zwei zusammengehörige Codes sich im selben Teilbaum befinden, kommt eine Alternativstrategie zum Tragen:
Deepest fit. Hier wählt Meva den Code aus, der am tiefsten in der Baumhierarchie verankert ist, um die Spezifität des Resultates zu erhöhen. Versagt auch dieser Ansatz, schaltet Meva auf die dritte Strategie um:
First fit. Hier wird der erste Code, der zu einer Zeichenkette gefunden wird, mit den Häufigkeiten des Strings belastet. Offensichtlich ist dies der Fall bei dem o.g. Beispiel.
Link-Restriktor. Meva integriert Verknüpfungen zu PubMed in seinem Resultat, vorausgesetzt, Sie haben einen PubMed-Suchausdruck in das Linkrestriktorfeld angegeben. Der Wert dieses Feldes wird mit den Feldwerten des Meva-Resultates zu einem Suchausdruck verknüpft. Wenn Sie z.B. Tetrodotoxin[mh] als Linkrestriktor angegeben haben und im Meva-Resultat auf den (gefundenen) Autor Smith TK klicken, lösen Sie eine erneute Suche in PubMed nach Smith TK[au] AND Tetrodotoxin[mh] aus.
Was ist der Zweck des Linkrestriktors? Da Meva nicht „weiß”, mit welchem Suchausdruck in PubMed Sie die Eingabedatei für Meva (Primärmenge oder Primärlösung) erhalten haben, können Sie Meva mit der Angabe eines Linkrestriktors diese Information mitgeben. So können Sie z.B. sichergestellen, daß Sie bei einer erneuten Suche in PubMed über die Feldverknüpfungen im Meva-Resultat (Sekundärmenge oder Sekundärlösung) die ursprüngliche Lösungsmenge nicht überschreiten (Sekundärmenge als Teil der Primärmenge) bzw. so Ihren ursprünglichen Suchradius weiter verfeinern können.
Der Linkrestriktor muß der PubMed-Suchsyntax gehorchen, anderenfalls erhalten Sie falsche oder keine Resultate bei der Aktivierung einer Verknüpfung im Meva-Resultat. Es ist empfehlenswert, in PubMed immer nach definierten Feldern zu suchen, statt eine Freitextsuche durchzuführen, da dies zu spezifischeren Ergebnissen führt. Dies erreichen Sie, indem Sie nach dem Suchausdruck den Feldtyp in eckigen Klammern angeben. Um z.B. nach Schlagwörtern (MeSH terms), Autoren oder Publikationsdatumswerten zu suchen, verwenden Sie Tetrodotoxin[mh] statt Tetrodotoxin, Smith TK[au] statt Smith TK und 2002[dp] statt 2002. Verwenden Sie nicht PubMed-Referenzen wie #1 als Link-Restriktor, da diese Referenzen nur eine kurze Gültigkeitsdauer haben.
Für den Fall, daß Sie keinen Link-Restriktor angeben, erzeugt Meva keine Verknüpfungen (PMID's und Korrelationsmatrizen ausgenommen), da die Lösungsmenge beim Aktivieren einer Verknüpfung ansonsten zu groß geriete: Eine globale Suche nach einem Autor namens Smith in PubMed ist natürlich wenig sinnvoll und belastet die PubMed-Datenbank unnötig!
Drei Beispiele sollen die Verwendung des Linkrestriktors näher erläutern:
Bsp. 1a - Verkleinerung der Primärlösung: Sie haben in PubMed initial nach Tetrodotoxin[mh] gesucht, um eine Eingabedatei für Meva zu erhalten (Primärmenge). Im Meva-Formular haben Sie Author als Suchfeld ausgewählt. Sie möchten nun, daß beim Anklicken einer der gefundenen Autoren im Meva-Resultat PubMed nur die Datensätze findet, in denen der Autor etwas über Tetrodotoxin geschrieben hat (Sekundärmenge). In diesem Fall geben Sie im Formular den ursprünglichen PubMed-Suchausdruck Tetrodotoxin[mh] als Link-Restriktor an.
Diese Konstellation bietet sich an, wenn Sie die ursprüngliche Lösungsmenge nicht überschreiten wollen.
Die folgende Abbildung verdeutlicht die Lösungsmengen und ihre Häufigkeiten (Stand Juni 2003). Der linke Kreis illustriert die Primärmenge Tetrodotoxin[mh], die schraffierte Schnittmenge hingegen die Sekundärlösung Smith TK[au] AND Tetrodotoxin[mh] mit 18 Artikeln, die PubMed beim Klick auf den Autor Smith TK im Meva-Resultat fände:
Bsp. 1b - Zusätzliche Verkleinerung der Primärlösung: Wie im vorigen Beispiel haben Sie in PubMed nach Tetrodotoxin[mh] gesucht und im Meva-Formular Author als Suchfeld ausgewählt. Sie möchten nun mit der Aktivierung einer Verknüpfung alle Datensätze aus dem Jahre 2002 finden, in denen ein bestimmter Autor etwas über Tetrodotoxin geschrieben hat. In diesem Fall erweitern Sie den Linkrestriktor im Formular auf Tetrodotoxin[mh] AND 2002[dp] (oder Tetrodotoxin[mh] AND 2002[dp], was ident ist). Statt des Publikationsdatums kann natürlich auch ein anderer passender Restriktor gewählt werden.
Diese Konstellation bietet sich z.B. an, wenn die ursprüngliche Lösungsmenge sehr groß ausgefallen ist und man kleine Sekundärlösungen wünscht.
Der linke obere Kreis in der folgenden Abb. illustriert die Primärmenge Tetrodotoxin[mh], die schraffierte Schnittmenge hingegen die Sekundärlösung Smith TK[au] AND Tetrodotoxin[mh] AND 2002[dp] mit 2 Artikeln, die PubMed beim Klick auf den Autor Smith TK im Meva-Resultat fände:
Bsp. 2 - Teilweise Erweiterung der Primärlösung: Wie im vorigen Beispiel haben Sie in PubMed nach Tetrodotoxin[mh] gesucht und im Meva-Formular Author als Suchfeld ausgewählt. Sie möchten nun mit der Aktivierung einer Verknüpfung alle Artikel des Autors aus dem Jahr 2002 finden (nicht nur solche zu Tetrodotoxin). In diesem Fall geben Sie im Formular lediglich 2002[dp] als Link-Restriktor an. Der Linkrestriktor ist in diesem Falle nur notwendig, um Meva Verknüpfungen generieren zu lassen, da ansonsten die Sekundärmenge zu groß ausfiele. Statt des Publikationsdatums kann natürlich auch ein anderer passender Restriktor gewählt werden.
Achtung: Die Sekundärlösung ist hier nicht mehr eine Untermenge der Primärlösung!
Diese Konstellation bietet sich für Fragestellungen an wie „Über was hat der Autor noch geschrieben?”.
Der linke obere Kreis in der folgenden Abb. illustriert die Primärmenge Tetrodotoxin[mh], die schraffierte Schnittmenge hingegen die Sekundärlösung Smith TK[au] AND 2002[dp] mit 15 Artikeln, die PubMed beim Klick auf den Autor Smith TK im Meva-Resultat fände:
Datenformat. Geben Sie an, ob Sie das Resultat im HTML- oder im datenbanktauglichen Textformat möchten.
In Abhängigkeit von den gesetzten Parametern und von der Art der Suchfelder sind die Einträge der Resultatdatei als Verknüpfungen angelegt, d.h. ein Klick darauf aktiviert eine weitere Suche in der PubMed-Datenbank. Vom HTML-Format können Sie mit der Tastenkombination Alt+Druck unter Windows ein Bild des Browserfensters in die Zwischenablage abspeichern, das dann in jede beliebige Applikation (Word, PowerPoint etc.) eingefügt werden kann - gut für Präsentationen.
Tip: Viele Browser erlauben eine Vollbilddarstellung ohne störende Rahmen, dies wird häufig durch Drücken der Taste F11 erreicht.
Die Textdatei enthält eine durch Tabulatoren abgetrennte Liste der Resultatdaten (Details oder MeSH Tree), wobei die erste Zeile die Feldnamen enthält. Viele Datenbank- oder Chartprogramme erlauben es, beim Einlesen von Daten im Textformat (SDF, TSV, CSV etc.) die erste Zeile als Feldnamen zu interpretieren. Falls nicht: löschen Sie sie einfach.
Kommentar. Sie können hier einen Benutzerkommentar eingeben, der von Meva ins Resultat eingebettet wird. Somit können Sie später leichter Ihre Suchergebnisse identifizieren, insbesondere wenn Sie mehrere Analysen durchführen.
Es gibt zwei gute Gründe, dieses Feld nicht zu vernachlässigen:
Da der Kommentar von Meva in den Titel eingebettet wird und viele Browser, wie z.B. der Internet Explorer, den Titel verwenden, um beim Abspeichern einer HTML-Datei einen Dateinamen vorzuschlagen, können Sie somit schnell die Datei unter einem aussagekräftigen Namen abspeichern, was zur späteren Identifikation hilfreich ist.
Außerdem erscheint der Kommentar beim Ausdrucken auf jeder Seite oben in der Kopfzeile. Insbesondere wenn man Ausdrucke über mehrere Seiten hat und diese nicht gleich abheftet, können dank des Kommentars die Seiten dann trotzdem noch richtig einander zugeordnet werden.
Wird kein Kommentar vergeben, wird der Linkrestriktor als Kommentar verwendet.
Dateiname. Geben Sie den kompletten Pfad und Dateinamen zu der von der NLM heruntergeladenen Textdatei an, z.B. f:\in\ms20020617.txt (Windows) oder /home/user/ms20020617.txt (Unix).
Konsultiere Meva. Dieser Button sendet die Formulardaten an Meva zur Auswertung.
Löschen. Dieser Button löscht alle Formulardaten und setzt die Felder auf ihre Standardwerte zurück.
PubMed: Bitte beachten Sie den Hinweis des NCBI (!): "Do not overload NCBI's systems. The Entrez search and retrieval system was not designed for downloading large quantities of data. Users intending to send numerous queries and/or retrieve large numbers of records from Entrez should comply with the following: Run retrieval scripts between 7 PM and 5 AM Eastern Time weekdays or any time on weekends. Make no more than one request every 2 seconds."
Dies bedeutet im Klartext, deutsche Benutzer sollen großvolumige Abfragen an PubMed am Vormittag stellen. Damit helfen Sie mit, diesen kostenlosen Dienst auch kostenlos zu erhalten!
Meva: Auch Meva verweigert ab einer bestimmten, vom Administrator definierbaren Dateigröße die Verarbeitung, um das Netzwerk nicht zu überlasten. In diesem Fall können Sie die Daten mittels MePrep, dem Meva-Präprozessor, lokal auf Ihrem Rechner vor dem Absenden an Meva komprimieren. Die Kompression erreicht in der Regel eine Reduktion auf durchschnittlich 1 - 20% der ursprünglichen Dateigröße. Ist Meva beispielsweise auf ein Dateimaximum von 5MB eingestellt, können Sie so dennoch virtuelle 25 - 500MB an Meva zur Verarbeitung schicken. Dies wird generell empfohlen bei Dateigrößen über 5MB und bei wiederholten Anfragen mit denselben Daten, aber unterschiedlichen Parametern, da es die Netzlast reduziert und die Verarbeitungsgeschwindigkeit erhöht.
Denken Sie jedoch daran, daß Meva unabhängig von der Größe der Eingabedatei nur eine Maximalzahl an Feldern ausgibt, da ansonsten die zurückgelieferte HTML-Datei so groß geriete, daß die Web-Browser sie nicht mehr darstellen könnten. Im Text-Modus trifft die Feldbeschränkung jedoch nicht zu.
