Viele Substrate werden durch hepatische Cytochrom-P450-Enzyme abgebaut. Erfolgt der Abbau zu rasch, erzielt das Substrat nicht die gewünschte Wirkung. Erfolgt er zu langsam, kann die Konzentration des Substrats bis in toxische Bereiche steigen.
Ein Grund für solche Schwankungen kann in einer Polypharmazie liegen, die den Metabolismus des Substrats inhibiert oder induziert; ein anderer in einem genetischen Polymorphismus des abbauenden Enzyms. Daneben bestehen weitere mögliche Ursachen.
Mit Cypper lassen sich wissenschaftliche Hypothesen zu Induktionen, Inhibitionen und Polymorphismen der klinisch wichtigsten, humanen CYP-Enzyme testen. Das Programm nutzt Regeln, um mögliche Veränderungen im Abbau ausgewählter Substrate vorherzusagen.